- В ночь на 21 сентября 2009 года на Махачкалинском участке Северо-Кавказской железной дороги из-за размыва путей небывалыми ливнями сошел с рельсов товарный поезд из восьми вагонов, было разрушено около 250 метров железнодорожного полотна.

- Ночью 28 сентября 2008 года на железнодорожном переезде Черлак-Иртышское в Омской области микроавтобус под управлением гражданина Казахстана врезался в грузовой поезд. Больше 20 вагонов с углем сошли с рельсов и рухнули с моста в Иртыш. Водитель микроавтобуса погиб.

- 20 октября 2007 года на перегоне между новгородскими городами Малая Вишера и Окуловка неподалеку со станцией Торбино произошел пожар в вагонах пассажирского поезда номер 245 Санкт-Петербург – Адлер. В результате два вагона поезда полностью сгорели. Никто из пассажиров и железнодорожников не пострадал.

- 13 августа 2007 года на железнодорожном перегоне Бурга - Малая Вишера (Российская Федерация, Новгородская область, Маловишерский район) под локомотивом пассажирского поезда "Невский экспресс", следовавшего рейсом Москва - Санкт-Петербург, сработало взрывное устройство, заложенное в насыпь железнодорожного полотна. Травмы получили 60 человек.

- Вечером 11 июля 2007 в Амурской области на перегоне между станциями Уруша и Сгибеево Могочинского отделения Забайкальской железной дороги во время движения товарного поезда с углем, следовавшего в Восточном направлении, произошел отрыв 12 хвостовых вагонов. Вагоны сошли с железнодорожного полотна и перевернулись. Было разрушено 300 метров железнодорожного полотна в обоих направлениях, движение по Транссибирской магистрали было остановлено.

- 24 июля 2005 года близ селения Байрам-Аул (Российская Федерация, Республика Дагестан, Хасавюртовский район) под локомотивом электрички, следовавшей рейсом Махачкала-Хасавюрт, сработало взрывное устройство, заложенное в насыпь железнодорожного полотна. В вагонах электрички находились порядка 40 человек. Погиб один человек, травмы получили четыре человека.

- 12 июня 2005 года на 153-м километре железной дороги на участке Узуново - Богатищево произошел подрыв поезда Грозный-Москва. С рельсов сошли четыре вагона. За медицинской помощью тогда обратились 42 человека, пятеро из них, в том числе ребенок, были госпитализированы. По заключению взрывотехников ФСБ РФ, на пути следования поезда сработало безоболочное взрывное устройство мощностью три килограмма в тротиловом эквиваленте.

- 29 мая 2004 года на железнодорожном перегоне Дорго-Эльхосово в Северной Осетии при помощи радиоуправляемого устройства под поездом Москва-Владикавказ было взорвано железнодорожное полотно. Незадолго до взрыва по этой же ветке прошла Моздокская электричка и поезд Москва-Назрань. Семь пассажирских вагонов в результате взрыва сошли с рельсов. Жертв нет.

- 24 декабря 2003 года на железнодорожном перегоне Тулун-Утай (Иркутская область) произошло столкновение поезда, следовавшего рейсом по маршруту Владивосток-Новосибирск с оказавшимся на переезде грузовым автомобилем КамАЗ. Погибли три человека.

- 5 декабря 2003 года недалеко от центрального вокзала г. Ессентуки (Ставропольский край) в пассажирском поезде, следовавшем рейсом по маршруту Кисловодск-Минеральные Воды, было приведено в действие заложенное в вагоне взрывное устройство мощностью, эквивалентной 30 кг тротила, и начиненное металлическими предметами. По данным Южного регионального центра МЧС РФ, погибли 44 человека, позже скончались в больнице три человека, травмы различной степени тяжести получили более 180 человек.

- 3 сентября 2003 года два взрыва одновременно произошли в электропоезде Кисловодск-Минеральные воды. На месте погибли 3 человека, еще трое скончались в больнице, общее количество пострадавших в результате теракта – более 90 человек.

- 1 апреля 2002 в Москве вблизи Ярославского вокзала произошло столкновение пассажирского поезда Москва - Хабаровск с маневровым тепловозом. В результате столкновения у тепловоза оторвало колесную пару. Погибших нет. За медицинской помощью обратились 22 человека.

- 11 ноября 2002 года четыре человека погибли и несколько человек получили ранения в результате аварии электропоезда на Балтийском вокзале Санкт-Петербурга. Электропоезд выходил после ремонта из депо для обкатки. Из-за неисправности тормозной системы два вагона состава выехали с путей под шатровую часть вокзала, где находились пассажиры.

- 25 сентября 2001 года 16 человек получили ранения в результате схода с рельсов шести вагонов и локомотива пассажирского поезда номер 191 Ростов-Баку. Авария произошла на перегоне Мечетенская-Атаман в 130 километрах юго-восточнее Ростова-на-Дону. По сообщению пресс-службы МПС РФ, специалистами Северо-Кавказской железной дороги установлено, что неизвестными злоумышленниками было снято 25 метров рельсов пути.

-21 февраля 2001 года в одном из вагонов в электричке Московской железной дороги произошел взрыв неустановленного взрывного устройства. Электропоезд следовал из Брянска в Суземку. Два человека получили ранения.

- 9 декабря 2001 года произошло столкновение товарных составов на станции Гонжа Забайкальской железной дороги в Амурской области. Грузовой поезд столкнулся со стоявшим на путях товарным поездом, из-за чего четыре хвостовых вагона первого поезда сошли с рельсов. В результате катастрофы погибли два человека.

- В ночь на 26 января 2000 года произошло столкновение поездов на перегоне Торбино-Мстинский мост (Октябрьская железная дорога). В пассажирском поезде, который столкнулся с товарняком, ехало 139 человек. В результате аварии погиб помощник машиниста, три человека были госпитализированы.

- Крупная железнодорожная авария произошла 4 апреля 1999 года в Мордовии: в районе станции Воеводское на 642-м километре Куйбышевской железной дороги сошел с рельсов товарный поезд Сызрань-Рузаевка. В результате аварии, произошедшей из-за износа железнодорожного полотна, пошли под откос 12 вагонов, груженных легковыми автомобилями ВАЗ, две платформы и вагон-теплушка перевернулись. Повреждено около 250 метров полотна, 150 метров контактной линии. Человеческих жертв нет.

- 31 мая 1996 года на перегоне Литвиново-Тальменка Кемеровской железной дороги четыре вагона-цементовоза отцепились от состава и выкатились в район станции, где в них врезалась переполненная электричка. Погибли 17 и пострадали 44 пассажира электропоезда.

- 9 февраля 1995 года пассажирский поезд "Москва - Киев" из-за неисправности электровоза совершил вынужденную остановку на перегоне Сухиничи - Живодовка (267-й километр участка Калуга - Брянск Московской железной дороги). Состав покатился вниз и столкнулся с локомотивом стоявшего сзади поезда Москва - Хмельницкий. В результате удара четверо пассажиров последнего вагона погибли на месте аварии, еще 11 пассажиров были доставлены в больницу города Сухиничи.

- 20 июля 1995 года на железной дороге около Сергача Нижегородской области (Горьковская железная дорога) столкнулись два встречных поезда: почтово-товарный и грузовой. Произошел взрыв трех цистерн со сжиженным газом. Погибли шесть человек, около 20 были ранены.

- Крупная железнодорожная катастрофа произошла 8 августа 1995 года в Краснодарском крае. Через железнодорожный перегон Тихорецк - Кавказская (Северо-Кавказская железная дорога) проследовал товарный сборный состав из 31 вагона, следовавший из Ростова в Баку. Не дойдя двух километров до станции Кавказская, состав потерпел крушение, 16 вагонов сошли с рельсов. Среди опрокинувшихся вагонов оказалось четыре цистерны с перекисью водорода и две с бензином, их содержимое вспыхнуло. В результате крушения два с половиной километра железнодорожного пути оказались выведенными из строя.

- 28 апреля 1994 года в Башкирии в 180 километрах юго-восточнее Уфы произошла железнодорожная катастрофа. Из-за нарушения начальником станции Тирлян правил эксплуатации железнодорожного транспорта, допустившим следование поезда на красный светофор, на узкоколейке произошло столкновение двух грузовых поездов. В результате столкновения погибли два человека.

- 11 августа 1994 года в 115 километрах от Белгорода произошла железнодорожная катастрофа. От товарного поезда, следовавшего из Украины, на перегоне Тополи - Уразово Южной железной дороги оторвались и опрокинулись на параллельный путь несколько хвостовых вагонов, в них врезался встречный электропоезд. В результате столкновения четыре первых вагона электрички перевернулись. В катастрофе погибли 20 человек.

- 8 декабря 1993 года на территории Саратовского отделения Приволжской железной дороги прогремел мощный взрыв. В результате ошибки сцепщика при формировании грузового состава сошли с рельсов и опрокинулись маневровый тепловоз, пять цистерн с бензином, четыре цистерны с аммиаком и две платформы с железобетонными конструкциями. Вслед за этим произошло возгорание и взрыв двух цистерн с бензином и цистерны с аммиаком. Погиб машинист локомотива.